第二肝门主要位于腔静脉沟上方，作为肝脏出肝血流的一个重要部位，其中是左肝、中肝、右肝三支肝静脉汇入腔静脉的汇合口。因此，肝脏的出肝血流，都是从第二肝门进入回流心脏。
如果腔静脉出现狭窄，或右心功能不全、右心衰竭、肝静脉狭窄，会导致压力升高，从而出现肝脏淤血的改变。如果出现慢性肝淤血，会导致中央静脉出现淤血性改变，而周边的肝细胞会出现缺血性脂肪变的可能性。
所以病理上淤血肝，就会呈现一个红白相间的网格状改变。淤血逐步加重，会导致肝细胞坏死、残余肝细胞增生、纤维结缔组织增生，逐渐演变成淤血性肝硬化。
如果有这个部位压力增高的情况，需要及时给予处理，以避免肝脏出现严重的肝硬化改变。另外，第二肝门也是手术中最重要的术中标志，在手术中可以用作定位，尤其针对一些区块状的精准肝切除非常重要。
