在某些情况下头孢克肟可以治疗腹泻，尤其细菌感染导致的腹泻可以用抗生素治疗，其中就包括头孢克肟。头孢克肟属于第三代头孢，对革兰氏阴性菌有作用，腹泻时大部分是革兰氏阴性细菌感染，所以头孢克肟可以应用。但并不是所有的腹泻都需要应用头孢克肟，如果腹泻是由病毒引起，比如秋季腹泻是轮状病毒感染，所以用抗生素、抗菌素治疗就不合适。
另外较多患者腹泻是功能性腹泻，并不是细菌感染，应用抗生素属于滥用抗生素，属于不对症的治疗。所以如果出现腹泻时，建议化验血常规、检查C反应蛋白之类的炎性指标，辨别是否有细菌的感染。如果有细菌的感染，患者合并发热、腹痛等明显的感染表现，可以应用头孢克肟等抗生素治疗。但如果患者的炎性指标并不高，考虑功能的腹泻可能性比较大，就不要应用头孢克肟治疗，如果是病毒性感染，也不适合应用头孢克肟。
