临床上进行肠镜检查会通过进镜、退镜、牵拉，把肠道全部套到肠镜的镜身，在套的过程中，肠道的位置会发生改变。在位置改变的时候，会出现牵拉痛，肠道神经对牵拉痛比较敏感，但这种腹痛相对比较正常。肠镜也会有一些风险，主要与病人的体质、肠壁厚薄有关。如果肠壁较薄，肠镜进去气一冲，可能就发生穿孔了，可能出现腹痛，属于不正常的腹痛，为急腹症的一种，只要操作者仔细检查，小心、轻柔的操作肠镜，一版是不会出现肠穿孔的并发症。
部分病人做肠镜的时候，角度不太好，特别紧，进镜和退镜时镜身与黏膜会发生比较紧的摩擦，镜身可能会擦伤黏膜面，出现充血、炎症的表现，也可能会出现短期的腹痛。所以在肠镜检查后要进食较软的食物，避免食用粗糙的食物，有的病人可能需要补充肠道菌群制剂，大多不需要特别处理，腹痛可逐渐缓解。因此，无痛肠镜后出现的腹痛一般比较轻微，不需要紧张。
