过氧乙酸通常可以灭活新型冠状病毒，新型冠状病毒除对过氧乙酸敏感外，对较多消毒剂亦敏感，如含氯的消毒剂、乙醚以及75%的酒精等，故可用这些消毒剂进行灭活新型冠状病毒。此外，新型冠状病毒对热和紫外线亦敏感，30分钟56℃的环境，就可灭活新型冠状病毒，在太阳下暴晒，亦可有效灭活新型冠状病毒。

过氧乙酸是一种强氧化剂，不稳定，因此存放时，应在阴凉处存放，配置完成后，应在2天内用完，否则灭活作用、消毒作用就会减弱。长期用过氧乙酸，可引起皮肤或结膜的腐蚀、损伤。过氧乙酸有较强的刺激性和腐蚀性，故装过氧乙酸的容器，应用塑料容器。过氧乙酸不可与碱性药物一起合用，否则可引起爆炸。因过氧乙酸稳定性不好，且腐蚀性、刺激性较强，故通常不用于家庭消毒。