女性盆腔结核和盆腔炎症状非常相似，临床上非常不好鉴别。可以有结核病的常见症状，如食欲不振，但一般不会有恶心症状。目前如何提高女性生殖系统结核确诊率，减少误诊、误治是结核科和妇产科医生面临的难题。因为女性生殖系统结核初诊的确诊率特别低，曾经有一个报道是对52例女性盆腔结核患者的资料进行了分析，初次就诊就诊断出来是盆腔结核的只有10例，确诊率只有19%。
因为女性生殖系统结核临床症状非常不典型，表现多种多样，常常不以结核症状就诊，而是以常见的妇科症状就诊。如不孕、月经不调、下腹坠痛、盆腔包块等，容易被误诊为盆腔炎、卵巢肿瘤等妇科疾病。需要提醒的是，女性盆腔结核和其它生殖系统的结核，多数都缺乏特异性的临床表现。但女性生殖系统结核病是女性不孕症的重要杀手，所以对于不孕症患者也应该进行结核病筛查。