贲门溃疡从属于胃溃疡，如果发现贲门溃疡，首先进行贲门溃疡的病理活检。治疗主要以质子泵抑制剂(PPI)为主，常用的临床药物有奥美拉唑、雷贝拉唑之类的药物。
药物的作用机理就是通过抑制胃内的胃酸浓度，促进已经形成黏膜缺损的溃疡面的愈合。还会配合促进胃黏膜修复的药物使用，像黏膜保护剂里面的替普瑞酮。
如果合并有幽门螺杆菌时，需要根治幽门螺杆菌的治疗。如果幽门螺杆菌不做根治治疗，即使是通过6-8周溃疡治疗，有可能3个月或者半年后病人贲门溃疡还会再发。
一般良性典型的胃溃疡部位发生在胃小弯或者胃窦的区域，贲门口的溃疡是不经常看到的胃溃疡的形态，所以如果发现贲门溃疡一定要做病理组织活检。
在经过正规的溃疡药物治疗2个月后，建议做内镜下复查。如果内镜复查贲门溃疡没有变小，没有得到明显愈合时，这时候要考虑是否有贲门恶性肿瘤的可能。
