食管镜和胃镜均属于内镜，分为硬式内镜和软式内镜，也称纤维内镜，主要在临床应用上面进行区分，具体如下：
1、不同点：食管镜临床应用较少，目前大部分医院没有食管镜，因为食管检查和治疗很大程度上被胃镜代替。食管镜较短，主要观察食道，包括食道下病变，如只需进行食道部位治疗时可以酌情使用。胃镜需要经过食道，从咽喉部经食道进入胃、十二指肠，直到十二指肠降部再退镜，进行内镜下活检、治疗等。胃镜可以代替食管镜，且不局限于观察食管，可以将整个胃，包括十二指肠整体观察，再酌情进行处置；
2、相同点：从病人感受方面，两者均经过咽喉部，均有异物感，以及恶心的感觉，对于内镜操作医生来讲只是观察范围不同。
