布鲁菌病明确诊断后即可开始药物治疗。抗生素疗程需根据患者病程及病情的严重程度进行调整。治疗目标是控制病情、预防并发症、预防疾病复发、预防后遗症发生等。

临床上通常会使用抗生素联合的治疗方案，延长治疗时间，并选择能进入细胞内的抗菌药物。治疗效果最好的药物是多西环素和利福平，具体联合用药如下：

1、多西环素的联合用药：对于成人及8岁以上的儿童，世界卫生组织首选多西环素联合利福平，或多西环素联合链霉素；若不能使用上述药物，或药物效果不佳，可采用多西环素联合复方磺胺甲硝唑；

2、利福平的联合用药：如利福平联合氟喹诺酮类药物；8岁以下的儿童，可采用利福平联合复方磺胺甲硝唑治疗，也可采用利福平联合氨基糖苷类药物治疗；若是孕妇通常采用利福平联合复方磺胺甲硝唑治疗；

3、其他药物搭配：若在妊娠12周内发生布鲁菌病，可选用三代头孢菌素类药物联合复方磺胺甲硝唑治疗，可减少妊娠中断发生。药物治疗对孕妇有潜在的风险，应权衡利弊后再使用。

布鲁菌病一般预后良好，经规范治疗大部分患者可治愈。在死亡病例中，主要的致死原因是心内膜炎、严重的神经系统并发症等。

少数病例可遗留骨和关节的器质性损害，使肢体活动受限。有的病例出现中枢神经系统的后遗症，因诊治不及时、不彻底，而导致的慢性病例，此类病例治疗较复杂，部分患者治疗效果较差。