病毒性结膜炎和细菌性结膜炎区别主要有以下几点：

1、最主要是感染原不一样，细菌性结膜炎由细菌感染引起，病毒性结膜炎主要由病毒感染引起；

2、分泌物不一样，细菌性结膜炎分泌物主要是化脓性，表现为黄色脓性分泌物，病毒性结膜炎主要以水样或者浆液性分泌物为主，不会表现为脓性分泌物；

3、感染原不一样，治疗也不一样，治疗主要针对不同病因，细菌感染，主要用大量抗生素、抗细菌药物，病毒结膜炎用抗病毒药物，眼药水和眼药膏等局部用药为主，有些病毒感染还有全身症状，表现为发烧或者淋巴结肿大等，需要全身用药。