继发性感染是指机体在感染一种病原微生物的情况下，由于机体免疫力的低下以及其他原因又重新侵入新的病原体或体内原有潜伏病原体复活，导致感染的出现。

继发性感染的原因很多，最常见的长期的不恰当使用抗生素，比如肺炎的病人使用静脉输抗生素的时间过长或选用过强以及过于高级的抗生素治疗，可以导致肠道菌群的失调。使原来不致病的潜伏在胃肠道的细菌致病，病人可以出现腹疼、腹泻、恶心、呕吐等胃肠道的反应。

引起继发性感染还可以见于原本是细菌的感染，经过抗生素的治疗后又重新感染其它类型的病原体，比如真菌的感染，临床比较常见，尤其不恰当使用抗生素或长时间使用抗生素，通常容易诱发真菌感染。继发性感染更多见于有基础病患者，比如慢性肾病、糖尿病的患者。