附件囊肿和子宫肌瘤的区别主要是来源不同。附件囊肿大部分来源于卵巢，即卵巢上长囊肿，也有部分人是输卵管上面有系膜囊肿。子宫肌瘤来源于子宫，在肌层里面。

超声通常能够鉴别是附件囊肿，还是子宫肌瘤，鉴别比较容易。但有些特殊情况可能会造成鉴别困难，比如这个肌瘤靠外生长，就不好判断是子宫上长出来的，还是附件上长出来的，尤其是这个肌瘤有时血供不好，会变性形成囊性的，很难与附件囊肿鉴别。

有时卵巢上长瘤子偏实性，与浆膜下肌瘤难以区分。通常需要通过手术看见其来源，送病检来最终确定其性质。