食管炎本身可能有很多种原因，但反流性食管炎最根本的病因，就是胃酸反流进入食管造成的食管炎症，因此食管炎包含反流性食管炎。反流性食管炎是食管炎当中的一种，反流性食管炎明确的病因，是食管下端的抗反流机制的薄弱或者破坏，导致胃里的酸性液体向上反流入食管。
正常情况，食管下端是碱性的环境，因此食管黏膜不能够耐受，胃酸大量的涌入食管的下端，胃酸涌入食管下端就会对食管的黏膜细胞造成腐蚀，造成食管炎、溃疡甚至狭窄。反流性食管炎具体的病因食道下端括约肌功能的减弱，食道下端是环形的括约肌，起到控制逆向反流的作用。另外一个可能是膈肌变松弛，膈肌变松弛患者就会形成食道裂孔疝，使得食管的下端进一步松弛，这样就给反流提供解剖学基础；还有一个原因，食管下端排空功能减弱，也使胃里的酸性液体更容易向上反流，造成反流性食管炎。
