大多数畸胎瘤是良性，如果畸胎瘤长时间存在，没有短期增大，没有AFP(甲胎蛋白)或者其他肿瘤标志物的异常升高，没有丰富的血流信号，这种情况下的畸胎瘤大多数是良性。
在手术中可以看到，多数有毛发、牙齿的畸胎瘤是良性。如果在手术中看到畸胎瘤有头节，头节组织比较软，类似鱼肉一样，需要送病理检查，这种情况下有理由怀疑恶性的可能性。如果术中看到畸胎瘤组织有实质性或者半实质性的物质，切面有鱼肉样、黄红交界的半实质性物质，恶性的可能性会比较大。
判断畸胎瘤良恶性，需要通过术前影像学检查、肿瘤标志物检查，和存在时间、是否有短期增大的症状来综合判断。而手术中会根据术中取出畸胎瘤后的切面形态判断，都是根据经验推断。
最主要、最能帮助判断畸胎瘤良恶性的是病理结果，需要病理科医生进行检查，通过镜下的细胞形态，甚至加上免疫组化，帮助判断畸胎瘤良恶性。
