中医认为幽门螺杆菌是外邪，往往是湿热、易堵之邪，所以在临床上往往用清热解毒或者清热利湿的药物来治疗，比如黄芩、黄连、黄柏、金银花、蒲公英、连翘等方法来治疗。
现在研究土荆芥对幽门螺杆菌有一定作用，有一种中成药叫荆花胃康胶囊，主要成分就是土荆芥，有清热解毒、清热化湿的作用。
对于有些吃西药疗效不好的病人，比如对抗菌素耐药或者本身对西药过敏，可以采取中成药的方法来治疗。比如再服荆花胃康胶囊或者把西药和中药联合应用，在西药四联治疗的基础上，再加荆花胃康胶囊形成五联治疗，也会取得更好的疗效。
在临床上还要进一步摸索、研究，对于中药治疗幽门螺杆菌的方法还要进一步探索。
