卵巢囊肿达到48mm×36mm，手术时是否需要切除卵巢，最主要的是取决卵巢囊肿的性质。

1、生理性的卵巢囊肿：患者没有任何的临床症状，可以观察，不需要手术治疗；

2、良性的卵巢囊肿：部分患者可能会发现卵巢囊肿且在后续一段时间的观察中发现这个卵巢囊肿在逐渐增大，或者通过相应的肿瘤标记学的检查、超声的影像学报告，都高度怀疑这个卵巢囊肿是一个器质性的病变，如卵巢子宫内膜异位囊肿也是巧克力囊肿、卵巢的浆液性或者粘液性的囊腺瘤、输卵管系膜囊肿等，通常在手术的过程中单纯地给予切除，可以保留卵巢；

3、恶性的卵巢肿瘤：如果卵巢囊肿的性质在手术前或者手术时，都已经高度怀疑可能有恶性的卵巢肿瘤存在，也就是卵巢癌。手术范围肯定要有所加大，绝大多数情况下，至少要切除这一侧的附件，通常不仅会进行卵巢的切除，甚至还会进行卵巢肿瘤细胞的减灭术。手术的范围、是否要切除对侧的卵巢，取决恶性的卵巢肿瘤的分期、患者的年龄、恶性的卵巢肿瘤的具体分化程度等诸多因素。