精子异常有可能会导致生化妊娠的发生，但是男方因素不是导致生化妊娠的主要原因。生化妊娠的原因比较多，有可能是胚胎染色体异常，也有可能是跟母亲的一些疾病，比如子宫内膜异常，还有某些导致子宫内膜容受性下降的疾病，比如子宫内膜异位症、宫颈粘连、子宫内膜息肉等。
此外，母体免疫系统或者内分泌的异常，也可能会导致生化妊娠的发生，比如抗磷脂综合征、甲状腺功能异常。有文献报道，如男方精液异常，比如少精症、弱精症，还有严重的畸形精子症，以及男方精子DNA碎片率升高，也可能会导致生化妊娠的发生率升高。但是男方染色体异常携带，比如男方是罗氏易位，或者平衡易位携带者，确实会导致生化妊娠的发生。
生化妊娠如果发生在2次，或者2次以上，建议夫妻双方同时做检查，男方需要查染色体的检查，此外需要查精液的常规检查，排除导致生化妊娠的男方因素，因此生化妊娠，可能是由男方因素引起，但并不是最主要的原因。
