临床上治疗肝内胆管结石，常用的药物主要包括胆宁片、消炎利胆片、优思弗，这些药物对于部分患有胆固醇结石的患者具有一定效果，可以促进结石顺胆汁排出体外。但是绝大部分肝内胆管结石患者，不容易将结石顺利排除体外，因为肝内胆管结石体积较小，胆管的末端直径较细，单纯通过药物治疗并不能够使所有的结石通过末端狭窄的胆管。
大部分肝内胆管结石患者并没有明显临床症状，也不会造成肝功能损伤，引起患者出现腹痛、腹胀、恶心等相关的表现，所以绝大部分肝内胆管结石的患者可通过定期复查彩超的方法，密切观察病情，不需要过度的进行药物治疗。
过度的服用药物会加重肝脏和肾脏功能负担，引起严重的损伤。如果患者的肝内胆管结石确实属于多发，造成了肝脏萎缩，肝功能损伤较严重，此时单纯通过药物治疗也不会取得较好的效果，可以通过手术切除部分肝组织，达到清除肝内胆管结石的效果。
