胃镜一般5-10分钟做完，肠镜一般正常需要15-20分钟，所以胃肠镜联合一般20-30分钟。但是有时胃里如果有特殊病变，如有息肉，需要做活检或者治疗，时间可能会延长一些，但一般也不会超过20分钟或更长。
特殊的胃镜比如放大胃镜和超声胃镜，超声胃镜有可能时间是20-40分钟，肠镜一般15-20分钟。但是有的肠子比较长、肠腔比较宽大，做过腹部的手术有肠粘连或者有一些其他器质性疾病，使得肠镜不好操作，时间就有可能1-2个小时。但常规不会做那么长，否则出现并发症的风险有可能会增加。
此外，肠镜下如果做治疗，如切息肉、常规放支架，或者做癌前病变，治疗时间会变长，有可能1、2个小时，甚至3-4个小时都有可能。常规做胃肠镜的检查，一般联合就是20分钟到半个小时，分开做就是胃镜5-10分钟，肠镜15-20分钟。
