甲胎蛋白异质体属于甲胎蛋白的一种，它是临床上用来鉴别原发性肝癌和其他病因引起甲胎蛋白升高的一个重要手段。通常情况下，甲胎蛋白异质体的数值小于甲胎蛋白总量的10%。如果甲胎蛋白异质体出现偏高，大于甲胎蛋白总量的10%，就要考虑是不是有原发性肝癌的可能。
在肝细胞受到损伤之后，无论是肝癌导致的肝细胞损伤，还是肝炎等病变导致的肝细胞损伤，肝细胞在修复过程中，都可能会分泌甲胎蛋白。所以在临床上，无论是原发性肝癌，还是慢性肝炎、肝硬化等，都可以出现甲胎蛋白的增高。
而甲胎蛋白异质体主要是由肝癌细胞产生，通过和小扁豆凝激素发生反应，可以更加刻意地反映原发性肝癌的存在。所以在临床上，通过检测甲胎蛋白异质体和甲胎蛋白的水平，来判断原发性肝癌的可能性。
通过甲胎蛋白异质体的检测以及肝脏的增强CT、增强核磁共振检测，可以临床上确诊肝癌，并且按照分期早晚给予合适的治疗。
