甲硝唑主要治疗厌氧菌感染所引起的阴道炎，不可以治疗霉菌性阴道炎。霉菌性阴道炎为真菌性阴道炎，通常由于菌群失调引起，在使用抗生素的人群中，由于抗生素破坏了局部的正常菌群，霉菌性阴道炎容易发作，甚至复发，患者使用甲硝唑治疗可能会适得其反，越治越严重，应正确使用抗真菌的药物，包括克霉唑、制霉菌素、伊曲康唑或大扶康等，患者治疗前应该明确病原体，做清洁度和白带的检查，再对症下药。
甲硝唑是一种抗生素，主要治疗厌氧菌感染。女性的盆腔和阴道内存在大量厌氧菌，在使用头孢的同时，可以加用甲硝唑治疗。且由厌氧菌引起的阴道炎，如细菌性阴道炎、非特异性阴道炎、老年性阴道炎，患者可以口服或外用甲硝唑进行治疗。
