沙眼衣原体阳性是否严重，取决于患者临床症状与沙眼衣原体侵犯的部位。如果单纯侵犯眼睛，引起沙眼这种情况不严重，多数患者通过对症治疗可以自然痊愈，一般可以不应用特殊抗菌药物治疗。
如果沙眼衣原体引起泌尿生殖道感染，对于男性出现附睾炎，部分患者可以出现不育症状。对于女性如果导致子宫内膜炎或引起输卵管炎，这种情况下也可以出现不孕现象。对于孕妇来说，如果感染沙眼衣原体，可以引起流产也可以出现死胎。此外，也可以引起新生儿先天沙眼衣原体感染，这种情况下病情比较严重，而且带来不良愈后，也影响患者生育，需要积极治疗。
如果引起泌尿生殖道的感染，应该尽早采取治疗措施，需要选用喹诺酮类药物或四环素类药物。可以应用米诺环素、多西环素，也可以应用左氧氟沙星或环丙沙星，一般采用2-3周疗程或更长疗程，如果过早停药可能导致复发。
