肾积水的原因，就是存在尿路梗阻。通常泌尿系统，从肾脏肾盂开始往下，是输尿管、膀胱、尿道，就像急性的软的下水管道。所以在管道的任何地方出现梗阻，在管道的上方就会出现积水。
在肾盂以下的各个平面，只要出现了梗阻，都可能向上传递，导致肾积水。所以肾积水常见的部位是UPJ，也就是肾与输尿管连接部，可能由于先天畸形而导致狭窄，也可能是结石容易停留在此部位而导致肾积水。
另外，在输尿管的全程，特别是输尿管进入盆腔的第二狭窄处，以及输尿管进入膀胱壁内段的第三输尿管狭窄处，都容易让结石留存，也容易导致同侧患肾积水。
如果出现前列腺增生的问题，或者是神经源性膀胱的问题，以及输尿管膀胱瓣的功能破坏。这时候就会出现尿液逆流，也会出现肾脏积水的可能。
