怀孕六周可以药流，但是在决定做药物流产之前要全面的评估。药物流产主要是针对停经在49天以内，超声下胎囊直径小于2cm的早期妊娠的女性，如果病人没有米非司酮和米索前列醇两种药物的过敏史和禁忌症的前提下，就可以选择药物流产。
怀孕六周属于药流产可以做的一个阶段，但是流产的成功率并不是100%，一般药物流产的成功率只能达到80%-90%左右，也就是说有一定的失败率。如果药物流产失败还需要再次进行手术的清宫治疗。药物流产主要是分两次给药，第一次服用米非司酮，间隔48小时之后服用米索前列醇。如果有肝功能异常、肾功能异常的病人不能服用米非司酮，有青光眼、哮喘等等前列腺素类药物禁忌症和过敏史的病人，也不能服用米索前列醇。另外在服药之前要判断胚胎的大小，经过超声检查确定了超声胚胎大小，在药物流产的范围之内才可以进行药物流产。
