鳞状上皮细胞癌抗原可以用来检测鳞状上皮细胞癌，临床上又称之为SCC。SCC的高低与部分鳞状上皮细胞癌有关，比如肺癌、宫颈癌、皮肤癌、肛门癌等，都属于鳞状上皮细胞癌。所以SCC是鳞状上皮的肿瘤标志物，不仅可以判断肿瘤的性质，还可以观察预后，并且还是随访的重要指标。
但无论是哪种癌以及肿瘤标志物，都不具备百分之百的特异性，不是指标升高就是相应的癌，因为检查常受较多因素影响。如果没有发现相应部位的新生物或者没有肿瘤的情况发生，鳞状上皮细胞癌的抗原即便升高也不一定代表体内有鳞状上皮细胞癌。有轻度升高的患者可以定期随访，只要不是进行性升高就没有较大问题，所以判断鳞状上皮细胞癌抗原是否有问题，不仅要看正常值还要了解病史，观察相应部位是否有异常。
