如果肛裂出现疼痛应当积极治疗，可以通过手术或非手术方式治疗。疼痛明显可以先以局部止痛药，如双氯芬酸钠栓剂塞肛，中药栓剂能够通过肛管黏膜吸收，延缓药物在肛门作用时间。常见栓剂包括复方角菜酸酯、消炎止痛栓、普济痔疮栓、九华栓，具有消肿止痛、软坚散结、清热解毒等作用。中药栓剂还具有降低肛管压力，从而减轻肛裂患者疼痛，便秘等症状作用。

便秘可以通过口服缓泻剂或石蜡油使大便松爽、润滑，保持大便通畅，减轻粪便对肛内刺激，减轻疼痛。同时注意饮食，减少高蛋白、高脂肪食物摄入，保持大便通畅，排便时不宜用力过猛，排便后可以用温水和中药坐浴。保持局部清洁，可以改善肛周微循环、减轻疼痛，从而促进局部血液循环和淋巴回流、抑制局部炎症、促进水肿吸收、缓解疼痛、加速伤口愈合。保守治疗无效且反复发作可予以手术治疗，手术可以解除肛门狭窄和括约肌痉挛，术后可以配合扩肛治疗，用食指扩肛维持扩张5-10分钟，以预防肛裂再次发生。术后尽量养成每日一便习惯，防止出现便秘。