咬合肌的疼痛有可能会自愈，但是也有可能会逐渐加重，具体要根据患者在使用其牙齿以及咬合肌的使用情况而定。另外跟患者自愈的功能，也就是自体细胞恢复的功能有较大的关系。再者还与患者的咬合习惯、咀嚼饮食习惯有密切的联系，因此能否自愈个体差异性很大。
对于咬合肌如果出现疼痛，应引起高度的重视，建议患者还是应该尽早的干预。并且注意保护和休息口腔颌面部的肌肉，特别是咬肌，咬肌如果出现痉挛就有可能会出现疼痛。有些患者使用过度如长期咀嚼槟榔，就有可能会导致咀嚼肌的痉挛，从而出现相应的疼痛。
再者对于有颞下关节紊乱综合征的患者，也可能会引起周围的咬合肌群出现紊乱，从而出现疼痛。如果其相应的颞下关节紊乱自愈，咬合肌疼痛也会得以相应的自愈。
