手足口病疫苗一般要打2针，间隔28天之后打第2针，手足口病疫苗主要是针对肠道病毒EV71型研制。而肠道病毒EV71型引起的手足口病引起重型手足口病的几率相对较高。
对于其它病毒引起的手足口病，比如柯萨奇病毒、ECHO病毒，目前没有防疫疫苗。所以注射手足口病疫苗之后，并不是100%不会感染手足口病，而是引起重型手足口病的几率会明显下降。2个月以上-3岁以下的儿童，感染EV71型肠道病毒而引起重型的手足口病的几率相对较多，主要合并脑膜炎、心肌炎、肺炎。其并发症会导致部分儿童预后较差，有一定的病死率。
针对肠道病毒EV71型引起的重型手足口病有疫苗，所以建议3岁以下、半岁以上的儿童尽可能接种疫苗。一旦感染手足口病之后，可以减少发生重症的几率。
