食指关节疼痛的原因，主要包括外伤、腱鞘炎、骨性关节炎、痛风性关节炎、类风湿性关节炎，以及关节感染、结核等少见的疾病，具体如下：

1、外伤：外伤可能会导致关节囊，以及周围肌肉、韧带等软组织损伤，从而引起关节疼痛，患者有外伤病史，长期劳损，比如长期使用鼠标、手机，可能会引起肌腱与腱鞘的反复摩擦、粘连，从而出现腱鞘炎，也会引起食指关节疼痛、活动受限；

2、痛风性关节炎与类风湿性关节炎：其可以侵犯全身多关节，也包括手部关节，从而引起食指关节肿胀、疼痛、活动受限；

3、关节感染：例如糖尿病患者，或者长期服用激素、免疫抑制剂的患者，由于免疫力低下，可能会引起细菌感染，从而引起食指关节的化脓性感染或者结核感染，出现食指关节的肿胀、疼痛，通常疼痛较剧烈，肿胀较明显。

因此，如果患者长时间存在食指关节疼痛，休息后也不能缓解，就需要到骨科或者手外科就诊，进行相关的影像学检查，包括手指关节的X线、CT、核磁共振等检查，必要时还需要抽血化验，以明确诊断，进行进一步的治疗。