服用孕酮片会导致月经紊乱，女性正常规律的月经周期依赖于规律排卵以及雌激素、孕激素分泌。正常的情况下，女性月经消失后即可出现卵泡生长发育，能够分泌较多的雌激素，刺激子宫内膜生长、变厚。卵巢中的卵泡生长发育成熟后，优势卵泡会破裂，卵子排出，形成卵巢黄体。卵巢黄体能够分泌雌激素以及孕激素，后者可在孕酮的刺激下使增殖期的子宫内膜转变为分泌期的子宫内膜。若在排卵后14天左右，精子与卵子未如期结合为受精卵着床，将会出现卵巢黄体自溶，雌、孕激素水平骤然下降，导致子宫内膜剥脱出血。
月经周期里，子宫内膜的生长剥脱受到雌、孕激素水平调控。若自行服用孕激素，可能会导致月经紊乱。对于使用孕激素做为紧急避孕药的女性，可能会导致不规则阴道出血等副作用，女性应在医生指导之下规范使用孕激素。
