咽炎不会影响核酸检测的准确性。以新型冠状病毒为例，新型冠状病毒感染也可引起上呼吸道感染的症状，如咽痛、咽痒、咳嗽。但若不是新型冠状病毒感染，此时病人有咽炎症状也不会影响核酸检测的准确性。
咽炎分为急性咽炎和慢性咽炎，急性咽炎的病人可以由病毒或细菌感染引起，在急性咽炎的炎症发作期，可表现为咽痛、咽干、咽痒、咳嗽、异物感等症状。而核酸检查是检测特异性的病毒感染，如新型冠状病毒。
若是新型冠状病毒引起的急性咽炎症状，通常此类病人的核酸检测结果会是阳性。因此，有咽炎症状时可以去做核酸检测，如咽痛、咽痒、不适感等。若此时没有新型冠状病毒感染，就不会出现阳性反应。
因此，不要因为有急性咽炎的症状，就不敢做核酸检测，从而耽误治疗。
