甲状腺的疾病跟自身免疫有很大的关系，但并非免疫力低下或者抵抗力低下，而是因为自身免疫紊乱、识别功能有异常。对于甲状腺的识别就会有问题，如亚急性甲状腺炎，感冒以后抗体沉积在甲状腺上，会造成甲状腺组织破坏，引起甲减或者甲亢。但是亚急性甲状腺炎是一过性的，多数患者最终甲状腺功能可以恢复正常。
甲状腺的疾病如果除外结节、甲状腺癌，多数主要还是跟自身免疫有很大关系。如果自身免疫有问题，会出现较多的甲状腺疾病，而且甲状腺自身免疫疾病同时也经常会跟其他自身免疫相关疾病，包括1型糖尿病、狼疮，都会同步存在。
此外，也会有一些垂体疾病会影响甲状腺，但相比较而言，甲状腺疾病的主要病因还是跟免疫有很大关系。
