碘伏和双氧水不建议同时使用，但交替使用或者在两者之间应用盐水冲洗是较好的使用方法，在对伤口或者皮肤表面进行清创、消毒时，常会应用到碘伏、双氧水、盐水、肥皂水等消毒制剂，在清洗开放性伤口时候，碘伏和双氧水应用较多。碘伏可以杀灭大部分细菌、病毒，双氧水由于其内含有较多的氧气，对处理厌氧菌比较有效，同时双氧水本身在应用到组织中时，会有较多的气泡产生，这种比较强的崩解作用，可以清除体内的异物，甚至是脓性分泌物。
在处理伤口时，患者可以先用盐水清洗伤口，再用双氧水向伤口内倾倒或涂抹，在应用双氧水以后，也可以直接用碘伏冲洗伤口，或者在用双氧水以后，再应用碘伏冲洗伤口。尽管双氧水和碘伏在一起应用不会对患者产生不利影响，但两者同时使用，常会导致碘伏类消毒作用相对降低，因此在使用两者制剂的时候，尽量分开使用或者由盐水将其冲洗干净，再换成另外一种消毒制剂，才能达到更好的消毒效果。
