胃肠道间质瘤的治疗首选手术，通过根治术以后，根据分级再考虑术后辅助治疗，对于手术以后局部复发或出现远处单个转移病灶的患者，手术还是主要治疗手段。具体如下：
1、对于低危间质瘤进行根治术以后，不需要做术后辅助靶向药物治疗，即巩固靶向药物治疗；
2、对于中危胃间质瘤不需要做术后辅助靶向治疗，肠间质瘤根治术后建议做口服靶向药物治疗，主要靶向药物是伊马替尼；
3、对于高危间质瘤，根治术以后建议口服靶向药物治疗；
4、对于晚期没有手术治疗机会的患者以药物为主，即伊马替尼，争取降期再看看能否争取手术，如果一线治疗失败以后，二线可用抗血管靶向药物治疗，即舒尼替尼。二线治疗失败以后，三线可用瑞戈非尼。所以胃肠间质瘤药物里面以靶向药物治疗为主。
