会厌囊肿的手术通常是支撑喉镜下的喉显微手术，手术步骤要先进行全麻，全麻通常需要气管插管以及静脉复合麻醉。全麻成功以后就可以经过口腔，置入硬性金属的支撑喉镜，然后从口腔置入到喉腔，暴露会厌舌面，也就是暴露会厌囊肿。
暴露之后一般在显微镜下，用二氧化碳激光就可以将其完整切除，切除之后创面注意适当止血，通常这种创面不需要缝合，所以妥善止血也很重要，防止术后出现继续出血。当然会厌囊肿创面，一般出血不会很多，必要时用双极电凝止血即可。
手术结束以后、切除之后，可以将切除的囊肿送病理检查，包括快速冰冻病理，可以进一步明确诊断，排除可能的喉癌等疾病。当然这种可能性很小，手术妥善止血之后基本就结束了，然后撤出支撑喉镜，等待麻醉苏醒，一般病人就可以得到清醒的恢复。
