小孩咽峡炎大多数为病毒感染引起，所服用的药物主要为对症处理药物，由于大多数病毒并没有特效抗病毒药物，以对症支持治疗为主。如果咽峡炎小孩出现发烧，如果为低热，精神状态较好，可以先物理降温或观察，半小时后进行体温复测。如果为高热，除物理降温外也可以酌情选用药物降温，小孩常用退烧药物包括布洛芬、对乙酰氨基酚。

布洛芬适用于6个月以上的小孩及成人，对乙酰氨基酚适用于3个月以上的小孩及成人。如果为蚕豆病的小孩建议使用布洛芬退烧，不建议使用对乙酰氨基酚退烧。在1次发热病程中建议尽量选用同一种退烧药，非必要时不要布洛芬和对乙酰氨基酚交替使用，以免增加药物副作用。咽峡炎如果同时合并咽喉肿痛，也可以使用清热利咽喷剂，从而缓解咽喉肿痛的症状。