手指关节疼痛的原因有多种，临床上常见的主要包括以下几类：

1、外伤：外伤可能导致手指关节囊，以及周围肌肉韧带的软组织发生损伤，从而引起手指关节的疼痛；

2、长期的劳损：例如临床上常见的腱鞘炎，这主要是由于患者长时间使用手机或者是使用鼠标，导致手指关节的肌腱和腱鞘之间发生广泛性的粘连、水肿，从而引起腱鞘炎，最终导致患者手指关节的疼痛；

3、老年患者出现手指关节的骨性关节炎：这主要是由于随着年龄的增加，手指关节会出现软骨的剥脱、韧带的松弛等，因此会出现手指关节的骨性关节炎，也会导致患者手指关节的疼痛；

4、其他疾病：部分疾病例如痛风性关节炎，或者是类风湿性关节炎，可以侵犯全身多个关节，也包括手指关节，最终会引起手指关节的畸形、肿胀、疼痛等。另外还有部分少见的疾病，例如手指关节的感染或者是结核也会导致手指关节的疼痛，这两类疾病通常发病率比较低，主要见于免疫力低下的患者，例如糖尿病患者，或者是长期口服激素治疗自身免疫性疾病的患者，可能会出现手指关节的结核或者感染等疾病。