肛周脓肿形成肛瘘的几率在70%左右，并非所有肛周脓肿均会形成肛瘘。通常肛周脓肿发展的原因为肛门腺感染，由于肛门腺在肛门中且较脏，所以感染后易形成慢性窦道，多数患者会形成肛瘘。但有部分肛瘘并非肛门腺性质，可能为肛门肌间感染，此种情况进行手术后彻底清创引流，即使不做内口的处理，也不会形成肛瘘。
然而在临床中并非所有的脓肿均会形成肛瘘，部分脓肿切开引流后，也有不复发的情况存在，则说明通过切开引流也可以达到治愈目的。但如果贸然进行切开引流的根治性手术，也可能会造成过度治疗。所以肛周脓肿是否形成肛瘘需根据患者的情况进行判断。如果脓肿术中发现患者的肛腺存在明显问题，且通过探查显示有通路，此时需进行根治性手术。如果内口不明显且距肛门较远，仅需进行切开引流即可。此类做法即使形成肛瘘再进行二次手术，也可以较好地保护患者的肛门括约肌。
