肛门直肠的检查方法临床上有很多，最常用的是肛门的直肠指诊，通过肛门的直肠指诊，可以发现一些常见的肛管、直肠疾病，如常见的肛周疾病，痔疮、肛裂、肛周脓肿、肛瘘，另外直肠肿瘤也可以发现，还有妇科疾病、前列腺的相关疾病。

除了直肠指诊，还有常见的一些影像学的检查方法，如三维、经直肠超声、磁共振检查，也可以发现直肠肛管的常见疾病。另外还有放射线检查，如排粪造影、结肠传输实验、肛门直肠测压，都是肛门直肠的常见检查方法。

另外还有纤维结肠镜及肛门镜，这些检查都是比较直观的检查方法。涉及到肿瘤的患者，需要在肠镜或者是肛门镜下取病理组织活检后，才能进一步确定诊断。但是肛门直肠的检查方法，往往是需要结合一些特殊疾病，而选用不同的检查方法。