卵巢囊肿通常不严重。卵巢囊肿的处理，常规采取观察和手术处理，药物对卵巢囊肿无效，因此临床上卵巢囊肿患者，通常不需要药物治疗。在患者初发现卵巢囊肿时，如果囊肿不是特别大，比如囊肿未超过5cm，通常先不考虑手术，而是对卵巢囊肿进行观察。
5cm以下的卵巢囊肿，不一定是卵巢的新生肿物，有可能是生理性改变，如卵巢可能出现瘤样变，比如黄体囊肿和滤泡囊肿，经过几个月观察后，这些瘤样变会自然消退，不需要手术。如果排除卵巢瘤样变，考虑卵巢囊肿就是新生肿瘤，此时需要采取手术的方式。手术也并不困难，目前多采取腹腔镜的手术方式，这属于微创手术，对身体的损伤相对更小。
