乙肝病毒的核心抗体IgM有双重意义，一个是代表近期乙肝病毒的感染。IgM抗体对于病毒感染而言，出现较早、持续时间短，通常作为急性病毒感染的标志。对于乙肝病毒的核心抗体IgM而言，意义也是如此。例如急性的乙肝病毒感染，IgM抗体可能滴度较高，尤其是核心抗体IgM较高。且随着病程延长抗体滴度可能下降，甚至转阴。另外慢性乙肝病毒感染者或慢性乙型肝炎患者，近期有病情活动时，也可以出现乙肝核心抗体的IgM阳性。这时每次肝功能活动，都会出现乙肝病毒核心抗体的IgM由阴性转成阳性，或由低滴度转成高滴度。
部分人认为乙肝病毒核心抗体IgM，也代表乙肝病毒复制指标。因为乙肝病毒复制活跃，释放出核心抗原，就会刺激机体出现IgM抗体。所以部分人认为IgM抗体与HBV-DNA(乙肝病毒基因)水平，可能有一定的相关性。但目前可用高敏的方法监测HBV-DNA，所以乙肝病毒核心抗体IgM就显得没有那么重要。要了解病毒复制的情况，还是要看HBV-DNA的水平。
