男童尿路感染一般都是由于包皮炎所致，很多男童在青春期之前由于发育问题，包皮不能够完全下翻，所以可能存在生理性包茎。平时可能家长没有叮嘱男童，在洗澡或排尿时尽量下翻包皮，容易在尿道的包皮和龟头之间形成大量包皮垢。
包皮垢的成分包括尿碱、尿渍、包皮和龟头表面的皮脂腺脱落物，还会有细胞也会脱落，都混在一起就形成包皮垢。包皮垢里藏污纳垢，可能有大肠杆菌、金黄色葡萄球菌，就会刺激包皮龟头的皮肤造成痒感，还由于整个龟头被包皮包着，里面的细菌也容易沿着尿道外口入侵，形成男童尿道感染。
因此，男童尿道感染通常都是包皮龟头炎引发的逆行尿路感染。由于男童年龄小，这时不推荐吃喹诺酮类抗生素，如果没有青霉素和头孢类过敏史，一般推荐按照体重计算头孢类抗生素的剂量进行抗菌治疗。
