胚胎移植就是医生用一根非常细的软管把胚胎宝宝送到女性的子宫内，这个过程时间非常短，操作熟练的医生可能不到1分钟，很多病人基本没有感觉。放入胚胎时移植管的管径非常细，不到1mm，而移植内芯只是放很少液体大概20μL，20μL就是1mL液体的2%，非常少的液体里含有胚胎，轻轻把含有胚胎的液体送进去，对女性子宫基本不造成任何刺激，大多数女性没有感觉。
为了让移植过程更顺利，大部分生殖中心在移植前都在B超下引导，需要患者憋尿多喝水让子宫处于非常舒适的位置，能保证移植顺利，患者也不会有任何感觉。如果事前准备工作做得不充分，子宫不是处在非常适合的位置，可能患者会有一定感觉，移植过程可能不如想象的顺利。
