肾积水是上尿梗阻性疾病，引起肾积水的原因比较多。治疗肾积水主要是采取病因治疗，而不是药物治疗，因此并没有特别明确的药物治疗肾积水。
对于积水原因，可以进行有针对性治疗，如结石，尤其是输尿管结石导致梗阻、肾积水，可以采用解痉、止疼、促排石的药物，来促进结石排出，改善肾脏积水，必要时需要依靠体外碎石或手术治疗。对于畸形如肾盂输尿管连接处的狭窄，可能需要进行手术处理。
其他原因如泌尿系统感染，尤其是特异性感染如结核，可能会导致肾脏积水，需要采用抗结核治疗。肿瘤性病变如输尿管肿瘤、膀胱肿瘤、尿道肿瘤会引起上尿路积水，如果出现这种情况，可能要去除肿瘤病灶才能改善积水。
其他病变包括前列腺增生，严重的前列腺增生可以导致上尿路积水，需要解除梗阻、恢复膀胱的功能，来改善肾脏积水。对于肾积水的治疗，主要倾向于治疗原发疾病。
