治疗铜绿假单胞菌首选的药物是哌拉西林，或者是注射用哌拉西林钠他唑巴坦。其次是三代头孢菌素，比如头孢他啶、头孢哌酮，对其抗菌作用也比较强。
其他的β-内酰胺类药物中，亚胺培南、美罗培南，以及氨曲南等，对其也有作用，还有氨基糖苷类的药物，如庆大霉素、妥布霉素、阿米卡星。喹诺酮类的药物如左氧氟沙星、环丙沙星等，对铜绿假单胞菌均有抗菌作用。
但是由于铜绿假单胞菌的耐药性比较强，单一的抗生素对铜绿假单胞菌治疗不理想，很快就会出现耐药菌株，从而导致治疗失败，因此在临床上推荐联合用药。铜绿假单胞菌一般是条件致病菌，是医院内感染的主要致病菌之一。
患代谢性疾病、血液病、恶性肿瘤的患者，以及术后或者是进行某些治疗之后的患者，容易感染铜绿假单胞菌，经常引起术后伤口的感染，也可以引起褥疮、脓肿，化脓性中耳炎等。
铜绿假单胞菌引起的感染灶，可以导致血行播散，而发生菌血症和败血症。烧伤后感染铜绿假单胞菌，此种情况通常会比较严重，可能会造成患者死亡。
