胃肠道间质瘤可在胃肠外科、普通外科或消化肿瘤内科就诊。胃肠道间质瘤是起源于胃肠道的间叶肿瘤，最常发生于胃和小肠，随着肿瘤长大，患者常伴有腹痛、消瘦、贫血、乏力等症状，严重时还会有黑便、呕血、胃穿孔、肠梗阻等表现。
如果发生以上这种情况，应及时到胃肠外科就诊，由医生判断是否需要进行手术治疗。如果医院没有细分的胃肠外科，患者也可以在普通外科就诊。如果患者已经出现了肿瘤进展，需要接受靶向药物治疗，也可到消化肿瘤内科就诊。消化肿瘤内科在临床上主要是治疗消化道肿瘤的科室，部分医院可能是肿瘤内科下属分支亚专科，主要专长于难治性消化系统肿瘤的诊断、药物治疗、综合治疗和个体化治疗。
目前国内一些三甲医院，在胃肠外科门诊中专门开设胃肠道间质瘤专病门诊，为患者就诊提供了更为明确的指引。如果患者确诊胃肠道间质瘤，可前往专病门诊就诊。
