室间隔增厚应根据病因选择相应的药物，具体如下：

1、高血压病：属于导致心脏肥厚的最常见疾病，其中心脏肥厚以室间隔增厚为主，药物治疗过程中应首先选择降压药物，通常优选RAAS抑制剂，包括ACEI类药物和ARB类药物。ACEI类药物如培哚普利、赖诺普利、福辛普利等；ARB类药物如厄贝沙坦、坎地沙坦等，患者还应合并使用利尿剂；

2、家族性肥厚型心肌病：药物治疗上需应用RAAS抑制剂、β受体阻滞剂，定期体检，密切监测室间隔肥厚程度，以防出现流出道梗阻。