扁桃体囊肿如果非常小，没有任何临床症状，通常可以不进行手术。当扁桃体囊肿长得很大，并且引起病人异物感很重，尤其在进食的时候，能够感觉有阻挡。
检查的时候可以发现咽一侧的扁桃体囊肿比较大，影响病人的生活、进食或者平时感觉到咽部的异物感，这时通常需要手术的治疗，手术通常是在全麻下进行。
如果扁桃体囊肿的蒂非常细，通常将扁桃体囊肿切除即可，如果扁桃体囊肿的根非常宽，通常要行一侧扁桃体的切除，这时要注意病人切除以后是否有出血。
因为在扁桃体切除以后，病人要咳嗽或者进食的时候不注意，导致伤口出血。还要注意感染，病人出现了咽痛加剧，或者体温升高，要给予抗生素口服或者静脉给药。
