角膜镜的副作用，最主要的是引起感染，出现角膜感染，导致角膜炎、角膜溃疡。
角膜镜配戴，可能对眼睛的角膜上皮造成一定损害，如果这种损害能够迅速修复，一般不会遗留明显后遗症。但是，如果角膜的上皮损害没有得到及时控制，伴随着细菌感染，可能引起细菌性角膜炎，出现角膜混浊、角膜基质破坏，将来即使愈合，也可能留下一定的白斑或者斑翳，对眼睛的视力造成影响。
所以角膜镜的副作用，最主要的是出现角膜损害，出现角膜炎、角膜溃疡，最后可能遗留下角膜云翳、斑翳，或者角膜白斑，对于视力的危害比较严重。另外，对于个别少见的情况，患者还可以出现角膜的穿孔，这时，有可能需要进行角膜移植，才能够得到彻底的治疗。
