甲胎蛋白和癌胚抗原是两种不同的肿瘤标志物，两者的区别主要是临床上的意义不一样。

1、甲胎蛋白：是一种胚胎类抗原，通常发生在原发性肝癌和生殖系统来源的恶性肿瘤病人，比如原发性肝癌的病人，甲胎蛋白的指标可明显增高，达到或者超过500ng/ml。所以，对于有慢性肝炎病史的病人，如果出现甲胎蛋白明显增高，就要进行肝脏的增强CT或者增强的核磁共振检查，观察肝脏内的病变情况，如果发现可疑的病变，而不能临床诊断肝癌，还应该做病理学检查来明确诊断。甲胎蛋白的增高也不一定都是发生癌症，部分良性肝脏疾病，甲胎蛋白也可以增高，要注意鉴别；

2、癌胚抗原：也属于胚胎类抗原，是非特异性肿瘤标志物，在多种恶性肿瘤，比如肺腺癌、乳腺癌、胃癌、肠癌、胰腺癌中，可以出现明显增高。除了这些恶性肿瘤之外，部分乳腺的良性疾病、肝脏的良性疾病等，都可以出现癌胚抗原增高的情况。