幽门螺杆菌试纸的应用通常需取牙菌或牙菌斑，取牙菌斑后观察颜色变化判断有无幽门螺杆菌，但不推荐因准确度欠佳。建议患者到医院进行呼气试验包括碳13或碳14，原理是通过幽门螺杆菌分泌尿素酶分解尿素，将有特殊标记的胶囊通入体内，通过呼气检测出呼出气体标记的碳13或碳14，可评估患者是否具有幽门螺杆菌。检查结果较为准确，但需要空腹到医院进行检查。
此外，有可自行检测的方式，称为粪便抗原检测，患者可在医院买到粪便抗原检测试剂盒，通过排便取粪便并进行检测。同样检测后通过颜色变化即是否出现两道杠，明确粪便内是否含有幽门螺杆菌抗原，若粪便内含有幽门螺杆菌抗原，考虑为幽门螺杆菌阳性。
